Marc Marquez conquistou sua primeira pole position com a Gresini Ducati na sessão de classificação encharcada pela chuva para o Grande Prêmio da Espanha em Jerez. Ele registrou um tempo impressionante de 1.46.773s, superando Marco Bezzecchi e Jorge Martin em suas motos VR46 e Pramac Ducati, respectivamente. As condições desafiadoras permitiram que Marquez e Bezzecchi mostrassem suas habilidades, enquanto Martin terminou logo atrás deles. Brad Binder também teve uma sessão notável, superando uma difícil sessão de treinos e se classificando em quarto lugar. Fabio Di Giannantonio e Alex Marquez completaram a segunda fila para a Ducati.
Franco Morbidelli fez um forte retorno na Q2, colocando-se entre Francesco Bagnaia e Enea Bastianini na terceira fila. Pedro Acosta mostrou grande potencial, ganhando meio segundo em seu tempo de volta antes de sofrer uma queda na última curva, o que o levou para o 10º lugar. Maverick Vinales e Aleix Espargaro, da Factory Aprilia, tiveram dificuldades nas condições mistas e terminaram em 11º e 12º lugares, respectivamente. Johann Zarco impressionou na Q1, garantindo o 13º lugar no grid. Miguel Oliveira terminou logo atrás pela Trackhouse Aprilia.
Jack Miller, que tem enfrentado dificuldades nesta temporada, se classificou de forma decepcionante em 15º lugar. Dani Pedrosa, um piloto convidado e três vezes vice-campeão da MotoGP, teve um desempenho semelhante ao de seu companheiro de equipe. Raul Fernandez largará em 17º, enquanto seu companheiro de equipe Augusto Fernandez continua enfrentando dificuldades e se contentou com o 18º lugar. Stefan Bradl, da Honda, terminou em 19º, à frente do campeão de 2020, Joan Mir, em 20º. Lorenzo Savadori, piloto de testes e desenvolvimento da Aprilia, garantiu o 21º lugar, seguido por Luca Marini em 22º. Fabio Quartararo e Alex Rins tiveram uma sessão difícil, terminando em 23º e último lugar, respectivamente. Luca Marini e Takaaki Nakagami completaram o grid em 22º e 24º lugares.